Nathan e Tracy sono a letto e Nathan ripensa a tutti i recenti cambiamenti nella sua vita. Mentre Tracy dorme, si alza e trova Linderman nella sua cucina. Nathan è ormai convinto che Linderman sia un'allucinazione ma questi sostiene di essere stato inviato da un potere più alto ad avvertire Nathan che Tracy era in pericolo. Tracy esce e chiede con chi sta parlando Nathan. Lui le risponde che stava pensando ad alta voce.

Mohinder avvicina un pusher nel parco e gli chiede qualcosa per rilassarsi. Il pusher sembra riluttante ad aiutarlo. Mohinder allora lo afferra con violenza e dice che non ha bisogno delle sue droghe, ma di lui. Intanto Claire si arma di un taser.

Nella cella di Sylar, Peter gli spezza il collo in preda a una rabbia furiosa. Poi si volta verso Angela ed esige di conoscere tutti i segreti che nasconde. Anzi, decide di estrarglieli dalla testa lui stesso. Angela urla mentre Peter le apre la fronte, ma Sylar si riprende appena in tempo e stordisce Peter. Mentre Angela si occupa del figlio svenuto, HRG convoca il suo nuovo partner: hanno un nuovo obiettivo.

Sandra si rende conto che Claire non è affatto a un raduno delle cheerleader. Lei e Meredith arrivano alla conclusione che la ragazza sia andata a caccia degli evasi del Livello 5. Meredith nota che Claire è indistruttibile, ma Sandra le mostra il file di Stephen Canfield, che può generare buchi neri che risucchiano le persone facendole sparire per sempre. Vedendo il file di un certo Eric Doyle nel mucchio, Meredith si spaventa al punto che decide di cercare Claire.

Stephen Canfield passeggia su e giù per una casa vuota, parlando al telefono con la sorella che rifiuta di dirgli dove sia la sua famiglia. Arrabbiato, genera un piccolo vortice che risucchia una manciata di oggetti. Claire lo coglie di sorpresa e spara con il suo taser.

Al cimitero di Aoyama in Giappone, Hiro cerca di contrattare con un impetuoso Adam, il quale pensa che Angela sia responsabile del furto della formula. Hiro prova a spiegare che hanno bisogno del suo aiuto. Adam rifiuta di ascoltare e Hiro riporta indietro il tempo per rimetterlo nella sua bara. Finalmente Adam si convince a collaborare e afferma di avere un piano.

Linderman incontra Daphne alla Pinehearst Company e la persuade a reclutare un nuovo gruppo di individui speciali, per costruire un mondo in cui le persone come Daphne siano rispettate. Tra i suoi obiettivi ci sono Knox e Mohinder.

Canfield si rialza. Quando Claire annuncia la sua intenzione di riportarlo al Livello 5, lui insiste che non è un mostro; ha ucciso una persona accidentalmente e la Compagnia lo ha rinchiuso senza possibilità di appello. Ora vuole solo ritrovare la sua famiglia. Claire è indifferente. Canfield si altera e le dice che deve ascoltare, quindi genera un vortice che risucchia via il suo taser.

Mohinder porta il pusher nel suo laboratorio ma è costretto a nascondere il suo corpo quando Maya ritorna. La ragazza gli mostra un volantino che annuncia la scomparsa del suo violento vicino di casa. Mohinder cerca di distrarla con delle avances, ma Maya nota una scia di sangue sul pavimento e con una scusa scappa via. Nel frattempo il vicino, Mark, è incosciente, avvolto in un bizzarro bozzolo sul muro, nel retro del laboratorio.

Claire si turba ascoltando il racconto di Canfield, incarcerato senza processo né possibilità di dire addio alla sua famiglia, per colpa di un fatale incidente. Si rende conto che non è un mostro, ma un uomo che, come lei, vorrebbe solo una vita normale. Benché sia disarmata, lui la lascia andare. Claire allora offre il suo aiuto, dandogli l'ultimo recapito della sua famiglia conosciuto dalla Compagnia.
Nathan chiede a Tracy perché volesse suicidarsi. Alla fine la donna ammette di avere ucciso un giornalista. Vorrebbe costituirsi, ma Nathan la avverte che non le crederanno. Afferma che l'attentato subìto quando stava per rendere pubblica la sua abilità è stata una seconda chance che Dio gli ha dato, così come ha dato i poteri a lui e a Tracy per fare del bene. Scettica, Tracy ribatte che lei ha ottenuto il suo potere dal Dott. Zimmerman in California.

Canfield rintraccia la moglie e le dà un appuntamento al Griffith Park. Noah entra con la pistola spianata. Canfield immediatamente prende Claire in ostaggio, deluso dalla scoperta che HRG è suo padre e sospettando una trappola. Claire, scioccata dall'entrata di Sylar, protesta la sua innocenza. Canfield le dice di aggrapparsi a qualcosa, genera un vortice e scappa. Claire si salva solo grazie all'intervento di Sylar. Quest'ultimo tenta di scusarsi con Claire per averla aggredita, ma Noah gli impedisce di rivolgersi a sua figlia.

Claire insiste che Canfield non è un pericolo ma solo un uomo che ha fatto un errore. Noah promette di ascoltarlo e Claire accetta di dire al padre dove trovarlo.

Adam porta Hiro e Ando in un losco bar in cui le persone con abilità speciali vengono in cerca di lavoro. Spera così di scoprire chi ha ingaggiato Daphne. Il barista, Milosh, è furioso con Adam perché ha avuto una relazione con sua moglie. Si getta su Adam col pugno teso ma invece colpisce Hiro. Mentre Ando cerca di far rinvenire l'amico, Adam se la dà a gambe.

Nathan e Tracy fanno visita ad Angela, che tiene Peter in stato di coma indotto a causa del suo nuovo, pericoloso potere. Alle domande di Tracy su Zimmerman Angela cerca di opporre la segretezza delle ricerche, ma quando Tracy minaccia di rivelare la sua abilità a tutti, spiega che Zimmerman ha aiutato la Compagnia nella creazione di abilità "sintetiche", tra cui anche il potere di Nathan. Suo padre Arthur Petrell infatti era deluso che il figlio non avesse ereditato il suo DNA "speciale".

Maya torna nel laboratorio in assenza di Mohinder e trova Mark nel suo bozzolo. Prova a liberarlo ma deve nascondersi quando Mohinder rientra. Lo scienziato nota una sedia fuori posto. Maya si fa prendere dal panico, il liquido nero le invade gli occhi e contagia Mohinder e Mark. Mohinder la convince a fermarsi prima che li uccida. "Che cosa hai fatto? Sei un mostro" lo accusa Maya.

Hiro e Ando provano a trovare Adam senza successo. Mentre scendono lungo un vicolo, Adam striscia fuori da un bidone della spazzatura ma Knox lo colpisce e lo porta via con un furgone. Al telefono, chiede al suo interlocutore cosa fare con Hiro e Ando.

Nathan e Tracy sono sconvolti dalla scoperta di essere stati "cavie da laboratorio". Angela spiega che è per questo che la formula è stata divisa e nascosta – per non ripetere gli errori del passato. Ora la formula è stata rubata da qualcuno che vuole ricominciare gli esperimenti. Angela chiede l'aiuto di Nathan e Tracy, ma i due l'abbandonano indignati. Nathan suggerisce di consultare Mohinder Suresh. Tracy è diffidente, ma Nathan la rassicura: Suresh è una persona gentile e affidabile.

Intanto al laboratorio, Mohinder ha intrappolato anche Maya in un bozzolo.

Claire va al Griffith Park e trova Canfield in lacrime; la sua famiglia ha paura di lui e non si è fatta vedere. Contrariamente ai patti, HRG punta una pistola alla testa di Canfield e gli offre la libertà se ucciderà Sylar. Claire è furiosa con il padre per il tradimento. Il fuggiasco infine rifiuta di diventare un mostro quindi genera un vortice e vi si getta dentro.

Hiro e Ando sono al bar, depressi per il fiasco della missione. Proprio quando Ando dice che non può andare peggio, entrano Daphne e Knox. Vogliono offrire a Hiro un lavoro. Fiutando l'occasione per recuperare la formula, Hiro si finge un duro e accetta, ma Daphne non è convinta e gli dice che se è un duro deve dimostrarlo. Knox prende una spada dalla parete, la tira a Hiro e gli ordina di uccidere Ando. Hiro prende la spada, chiede scusa a Ando e lo trafigge.

Noah riporta Claire a casa, e cerca di persuaderla che ha agito per il meglio provando a liberarsi di Sylar. Sylar si insinua nella conversazione, affermando che Claire adesso sa davvero di che pasta è fatto suo padre, un traditore che l'ha usata e ha usato Canfield e che non considera gli individui speciali come esseri umani. Claire tace.

Sandra accoglie Claire a braccia aperte, pensando che Meredith l'abbia trovata. Ma Meredith è prigioniera di Doyle, un inquietante criminale che può costringere chiunque a fare ciò che vuole comandandone i movimenti come un burattinaio.

Angela è assopita nel suo ufficio. In sogno trova prima Tracy, poi Nathan, e infine Peter brutalmente assassinati. Una mano insanguinata le si posa sulla spalla. "Non può essere!" esclama Angela riconoscendo la persona di fronte a lei. L'uomo afferma che vedere il futuro non le servirà a niente perché non potrà muoversi…e al suo risveglio, Angela è paralizzata.

Daphne incontra Linderman alla Pinehearst, ma non è contenta del successo della sua missione. Non vuole essere complice di omicidio, dice. Linderman ribatte che i sacrifici sono necessari e la manda a reclutare Matt. Daphne si rende conto che Linderman è incorporeo. Ciò che non può sapere è che Maury Parkman è nascosto lì vicino.

Maury entra in una stanza con un enorme letto al centro, su cu giace un uomo intubato. Maury conversa telepaticamente col paziente, comunicando il successo del loro piano. Maury è responsabile delle apparizioni di Linderman a Nathan, Daphne sta reclutando un esercito e Adam sta per raggiungerli. Qualcosa sembra turbare l'uomo nel letto. Maury ribatte quasi spaventato: "Tutto sarà fatto come vuole, signor Petrelli".