Claire porta un sandwich ad Alex, che si nasconde ancora nella stanza della cheerleader. Lei gli dice che possiede dei soldi per comprare un biglietto del treno per Albuquerque, dove lui potrà iniziare una nuova vita. Alex protesta, non vuole lasciare tutte le persone che conosce, ma Claire gli chiede di darle ascolto se vuole sopravvivere. Sandra chiama Claire ed entra nella stanza, domandando alla figlia che fine hanno fatto i 300$ utili per le emergenze. Mr. Babbani si mette ad abbaiare e trova il sandwich sotto il letto, e Sandra vuole sapere cosa sta succedendo. In quel momento si sente un rumore proveniente dall'armadio, e Sandra scopre che Alex si sta nascondendo in casa sua.



Nell'Edificio 26, Noah Bennet controlla uno spezzone di un filmato della sorveglianza girato presso la casa della sua famiglia. Danko chiede se gli da fastidio il fatto che Claire sia sorvegliata, e Noah gli risponde che lei è grande abbastanza per affrontare le conseguenze delle sue azioni. Danko avvisa la sua squadra che Peter e Matt sono i bersagli prioritari. Nathan interrompe Danko e insiste che vengano usate armi non letali per catturarli, ma Danko ordina di sparare per uccidere. Nathan cerca Noah per avere supporto, ma quest'ultimo replica che vorrebbe essere lui stesso a sparare a Peter e Matt. Un'analista chiama Danko e gli dice che hanno localizzato Peter: è a Manhattan.



Nel loft di Isaac, Peter scuote Matt e lo risveglia dal trance. Peter gli racconta che ha disegnato sempre la stessa immagine: Matt kamikaze con una bomba addosso. Matt vuole sapere se queste immagini possono servire a trovare un modo per salvare Daphne. Subito un computer si accende e il Ribelle manda un messaggio, dicendo loro che Daphne è tenuta in ostaggio nell'Edificio 26 e dando loro l'indirizzo. Peter non è sicuro che ci si possa fidare del Ribelle, ma subito costui invia un'altro messaggio: "Stanno arrivando, uscite!". I due lasciano il loft appena prima dell'arrivo di alcuni agenti.
Di nuovo in Costa Verde, Sandra chiede a Claire di Alex. Claire cerca di far credere che Alex sia il suo ragazzo, ma lui protesta e dice che non è vero. Sandra capisce che Alex dice la verità e Claire ammette che lo sta nascondendo a causa della sua abilità. Sandra dice a Claire che è estremamente pericoloso, ma sembra molto più infastidita dal fatto che Claire le ha mentito di nuovo.



Sylar e Luke continuano il loro viaggio, usando il portatile rubato per stare lontano dagli agenti di Danko. Luke chiede a Sylar perché vuole assolutamente trovare il padre. Sylar frena violentemente davanti ad un ristorante abbandonato, chiamato Big Jim's Franks & Fries, e comincia a staccare alcune assi con la telecinesi.



Claire si scusa con Sandra per aver mentito, e Sandra dice che conosce molte più cose di quelle che Claire pensa, incluso il fatto che un camioncino di sorveglianza, camuffato da servizio di pulizia di piscine, è rimasto parcheggiato fuori casa per più di 4 ore. Sandra promette di aiutare se Claire smette di mentirle, e Alex vota in favore di questa idea.



A Washington DC, Peter e Matt sono fuori dall'Edificio 26, pianificando la loro infriltrazione. Matt dice che non riesce ad usare il suo potere su tante persone contemporaneamente, e Peter decide di copiare l'abilità di Matt. Insieme passano facilmente la sicurezza e arrivano all'ultimo piano. Peter e Matt entrano in una stanza, convincendo l'operatore a finire il pranzo fuori, e Peter si mette ad usare il computer per cercare Daphne. Danko e la sua squadra vedono Matt e Peter tramite le videocamere di sicurezza, e Danko ordina di tirare giù la rete dei computer, ma qualcuno lo impedisce. Danko prova ad andare dai due ma incontra due guardie sotto il controllo di Matt, entrambe pronte a sparare, ed è forzato a rimanere dove si trova.



Sandra trova Lyle intento a giocare con la PSP, e usa il voto del compito di storia (C-) come scusa per confiscargli la patente. Sandra la usa per creare una falsa identità per Alex, dicendo che una volta l'ha fatto anche lei, quando era una tennager, per andare ad un concerto rock. Claire prova ad scusarsi per essere la causa di questi guai, ma Sandra ammette che non è colpa sua. Claire chiede di Noah, e Sandra risponde che lo ha sempre amato ma le sue bugie rendevano il loro matrimonio troppo difficile.



Dentro il ristorante abbandonato, Luke chiede a Sylar che cosa sta cercando e Syalr dice solamente "Qualcosa è successo qui". Si ricorda di essere stato lì con suo padre nel 1980, perdendo una macchinina all'interno di un separatore di legno. Nel presente, quando comincia a togliere le assi di legno, trova la macchinina ancora lì, come prova che il ricordo che ha avuto è reale.



Dopo una doccia e un cambio di vestiti, Alex chiede a Claire perché lo sta aiutando. Lei risponde che sono una "specie" in pericolo. Lui le dice che è speciale, non solo per la sua abilità, e se le cose fossero andate diversamente gli sarebbe piaciuto essere il suo ragazzo. Lei gli racconta che non vuole avere relazioni, e ricorda come molti matrimoni finiscano con un divorzio, ma lui spiega che una relazione con la persona giusta è un giusto rischio. Sandra arriva agitata e dice ad Alex che gli agenti nel camioncino stanno per entrare e lui deve nascondersi. Lei mostra ai due un luogo segreto nel ripostiglio, dove Noah teneva i files della Compagnia. Alex si nasconde mentre Rachel e l'altro agente lo cercano per tutta la casa, senza successo. Alex deve andare alla stazione per il suo treno e Sandra ha un'idea per aiutarlo.



Peter scopre che Dapne non è più nell'Edificio 26 ma è stata trasferita in un centro medico. Il Ribelle mostra sul monitor un video degli ostaggi del famoso volo 195, poi caduto. Peter copia il video su una penna USB, spiegando a Matt che possono usare la minaccia di rendere pubblica l'operazione per riavere Daphne.



Noah spiega a Danko ed alla sua squadra che i sensi di Matt sono molto sensibili quando usa il suo potere, e attiva un allarme rumoroso per far deconcentrare Matt. Le guardie si liberano del controllo telepatico e Noah, Nathan e Danko corrono per intrappolare Matt e Peter prima che i due scappino. Il Ribelle taglia l'alimentazione per fermare l'allarme, e Matt prova a controllare telepaticamente i soldati mentre Peter scappa con il video. Quando l'allarme torna a funzionare, Matt viene catturato.



Nel ristorante abbandonato, Sylar rivela che suo padre ha fatto qualcosa di terribile in questo posto, qualcosa che lui ha dimenticato. Quindi ha un altro flashback, questa volta vede suo padre che lo porta ad un tavolo dove siedono un uomo e una donna. La coppia da a Samson un po' di banconote e lui se ne va. Il giovane Sylar segue il padre nel parcheggio, correndo, dove lo vede discutere con sua madre in una macchina. Mentre il ragazzo guarda inorridito, Samson taglia la testa della madre e spinge il suo corpo fuori dalla macchina.



Nathan incontra Angela e le chiede se sta aiutando Peter, o se sa l'identità del Ribelle. Lei nega entrambe le cose, e dice che non tradirebbe mai Nathan. Peter chiama il fratello e chiede che Daphne e Matt siano liberati o lui darà il video a tutti gli organi di stampa. Nathan accetta e prepara un incontro.



A Costa Verde, Sandra crea un diversivo, uscendo da casa insieme a Lyle con l'automobile, permettendo ad Alex e Claire di uscire di nascosto. Gli agenti li sentono e cominciano a seguirli, forzando Alex e Claire a nascondersi in una piscina, sott'acqua. Quando Cliare inizia ad annegare, lui la bacia per darle aria, e gli agenti perdono le loro tracce.



Nathan parla con Danko e Noah dello scambio, ma Danko è risoluto nel dire che nessun ostaggio sarà liberato, ha altri piani. Quando Nathan prova a dare ordini a Danko, lui gli spiega che prende ordini solamente dal Presidente, che non accetta accordi con i terroristi. Peter incontra Noah all'ultimo piano di un parcheggio, ma i pensieri di Noah avvertono Peter che è una trappola. Danko spara a Peter alla spalla, causando la sua caduta dall'ultimo piano, ma Nathan lo salva volando via. Col braccio bloccato, Peter parla con Angela e Nathan, e quest'utlimo prova a convincere il fratello ad arrendersi. Peter gli fa credere che si arrenderà, e abbraccia Nathan, ma il suo scopo è replicare il potere e, riuscito nell'intento, vola via lontano. Angela dice a Nathan che deve ascoltarla, e gli sussurra qualcosa nell'orecchio.



Un giornalista del notiziario serale mostra al mondo intero il video rubato:
"E ora abbiamo sconvolgenti notizie per voi. Indiscrezioni hanno portato alla luce che il Governo Americano ha esteso i confini del Patriot Act. Grazie Brian. Bene, stasera delle fonti ci hanno consegnato un video, preso direttamente da una sconosciuta agenzia governativa con base a Washington.Ora, questo video mostra cittadini americani catturati in apparente violazione dei loro diritti costituzionali. Il Governo sta sostenendo una segretissima operazione militare con l'autorità di violare questi diritti?"
Mentre Danko guarda il notiziario, il suo sguardo cade sui dipinti di Matt coperto di esplosivi.



Sylar dice a Luke dell'omicidio della madre. Luke risponde che ha provato ad avvertirlo riguardo al padre, ma Sylar si arrabbia, ricordando che le storie di Luke su Samson sono state completamente diverse. Sylar lancia contro il muro il povero Luke e lo minaccia, ma non lo uccide. Lasciando il ristorante, Sylar dice che cercherà suo padre per ucciderlo e raccomanda a Luke di tornare a casa da sua madre.



Danko è in un camioncino in movimento con un drogato Matt. Danko dice a Matt che la sua specie è molto pericolosa e ora il mondo lo saprà, quindi lascia Matt di fronte al Campidoglio, a Washington, con addosso dei vestiti coperti di esplosivo.



A Costa verde, Claire ringrazia Sandra per tutto il suo aiuto, e Sandra dice che è contenta per come è Claire. Insieme vogliono guardare un film e Claire va in cucina per prendere i pop-corn, ma si trova davanti Eric Doyle, che ha ricevuto un sms dal Ribelle: "Claire ti salverà".