Peter e l'Haitiano, reduci da Haiti, incontrano Angela che, per porre fine alla crisi e al pericolo che rappresenta Arthur, chiede a Peter di ucciderlo nell'unico modo definitivo, sparandogli alla testa.
Peter si mostra reticente, tuttavia raccoglie la pistola che Angela gli offre e si reca alla Pinehearst con l'Haitiano. In macchina, l'Haitiano percepisce i suoi dubbi. Ma Peter gli spiega che è l'unica soluzione, che il padre ha tentato di uccidere suo fratello, ha preso i suoi poteri e minaccia il mondo intero.

Claire e Hiro si trovano nel passato, 16 anni prima, sul tetto del palazzo Deveaux, al momento in cui Kaito consegna la piccola Claire ad HRG. Claire decide di seguire la bambina per impedire che la trasformino nel catalizzatore mentre Hiro ritrova sua madre.

Claire raggiunge Sandra e si finge una vicina di casa. Con la scusa di aiutare la donna, può sorvegliare se stessa da neonata. Se Sandra si fida istantaneamente della giovane vicina, HRG si comporta da uomo della Compagnia fino in fondo e subito smaschera le bugie di Claire. Claire, senza rivelare la sua identità, riesce tuttavia a spiegargli che deve proteggere la bambina e lo convince a non rispondere al telefono quando Kaito chiama per riavere Claire.

Dopo aver bruciato il corpo di Elle, Sylar è determinato a scoprire la verità sulla sua famiglia. Si mette sulle tracce della giovane Sue Landers, una donna col dono di percepire se la gente dice la verità. Ritrovato il suo spirito sadico, uccide la donna senza rimorsi e gli sfortunati testimoni che lo sorprendono.

Hiro si finge il nuovo cuoco della famiglia Nakamura e scopre così che la madre Ishi aveva il potere della guarigione. Scopre anche che la donna ospitava lei stessa il catalizzatore. Riconosciuto Hiro come il figlio venuto dal futuro, Ishi ne guarisce la memoria e allo stesso tempo trasferisce in lui il catalizzatore - contro il parere del marito, che non considerava il figlio all'altezza. Lo sforzo di Ishi la esaurisce e la donna, già, gravemente malata, muore.

Hiro più tardi ritrova Claire sul tetto dei Deveaux e i due si preparano a tornare nel presente, ma in quel momento appare Arthur. Arthur strappa a Hiro il catalizzatore e gli toglie anche tutti i suoi poteri prima di spingerlo giù dal tetto dell'edificio. Quindi rimanda Claire nel presente perché porti un messaggio ad Angela.

Hiro non è morto: è riuscito per il rotto della cuffia ad aggrapparsi ad un palo. Intanto il trio Matt-Ando-Daphne riesce a recuperare gli schizzi di Isaac Mendez e scopre così il fallimento della missione di Hiro e la sua precaria situazione. Pare non esserci soluzione, a meno che qualcuno non riesca a farsi iniettare la formula ed andare a recuperare Hiro nel passato: Ando si offre volontario.

Alla Pinehearst, l'ambiziosa Tracy e Arthur si preparano a creare un esercito di superuomini sperimentando la formula su dei marines. Nathan li sorprende mentre discutono nell'ufficio di Arthur. Tracy lo blandisce, affermando di voler manipolare Arthur per portare Nathan alla Casa Bianca.

Nathan si rivolge a suo padre e gli dice che è venuto per la formula, e non per aderire al suo piano. La formula può guarire molti mali del mondo, ma il progetto ha bisogno di un capo con una visione, e Arthur non lo è. Dunque Nathan esige di prendere il controllo della Pinehearst. Con l'intercessione di Tracy, Arthur accetta di farsi da parte.

Nathan ha un colloquio con un soldato per sondarne le motivazioni. Il giovane Scott, tornato dall'Iraq, spiega di essersi trovato impotente in situazioni in cui avrebbe voluto salvare la vita delle persone laggiù. Arthur arriva poco dopo e "mette" il catalizzatore nella formula; quindi, sotto gli occhi diffidenti di Nathan, e di Tracy, Mohinder inietta il siero al soldato.

Scott, dopo una prima reazione dolorosa, si ritrova con una forza sovrumana.

Arthur si allontana per affrontare Peter, di cui ha avvertito la presenza nell'edificio, con aria sicura di sé. Ma quello che non ha previsto è l'arrivo dell'Haitiano. Arthur sfida Peter a sparare. Il giovane esita a lungo, al punto che l'Haitiano ha difficoltà a controllare l'eccessivo potere dell'avversario. Infine Peter riesce a sparare, ma la pallottola si blocca in aria: è Sylar, venuto a scoprire la verità sul conto del "padre".

Chiede dunque a Arthur se è davvero suo padre e quest'ultimo risponde affermativamente. Ma la menzogna è svelata dal nuovo potere di Sylar. Sylar spinge dunque la pallottola nel cranio di Arthur, poi se ne va, senza attaccare Peter che, ormai privo di poteri, "non ha nulla che gli interessi".

È la fine di Arthur Petrelli, ma non degli eventi da lui messi in moto...