All'Edificio 26, Noah esamina il "corpo" di Sylar. Danko arriva e lo rassicura; Sylar è morto. Noah gli chiede come ci sia riuscito, e Danko gli dice di avergli piantato un pugnale bello grosso alla base del crano. Noah ricorda il frammento di vetro aveva funzionato prima di essere sciolto dal rogo della Primatech. Danko pensa che sia divertente che lui sia riuscito a catturare e uccidere Sylar in così poco tempo rispetto a Noah - magari HRG non voleva effettivamente catturarlo. Noah elogia Danko dicendo che probabilmente lui è migliore. un impiegato entra e dice a Noah che sua moglie è nell'edificio.

Hiro e Ando stanno guidando su una superstrada, lasciando messaggi a Matt. Vogliono riunire Matt con il figlio, e poi anche con la madre. Il bambino inizia a piangere, e la macchina misteriosamente rallenta e si ferma. Hiro e Ando sono confusi.

Mohinder dice a Parkman che andrà in India, e chiede a Matt di andare con lui. Ma Matt vuole vendicarsi di Danko per la morte di Daphne. Non riesce a superare la sua morte, e prepara la pistola con l'intento di andare ad uccidere Danko. Mohinder cerca di farlo ragionare, ma Matt gli dice di essere un buon amico e, uscendo, lo saluta.

Sandra aspetta nella hall dell'Edificio 26, aspettando suo marito Noah. Quando finalmente si incontrano, lei è arrabbiata e gli dice che non starà a casa ad aspettare di sapere dove si trova Claire. Lui la rassicura, dicendo che meno lei sa, meglio è. Sandra non crede più alle sue parole, e vuole vedere Claire. Noah cambia argomento raccontandole di un cadavere simile a Sylar, ma lui crede che non sia il killer. Danko si avvicina ai due e si presenta a Sandra, ma lei capisce che Danko è l'uomo che sorveglia la loro casa. Danko si allontana e Noah prega la moglie di tornare a casa, ma Sandra vuole rimanere in città fino a quando lui non riuscirà a trovare Claire, e se ne va.

Danko entra nel bagno degli uomini e chiude a chiave la porta, ma non è Danko, è Sylar. Il vero Danko è già nel bagno. Sylar è molto contento di recitare il ruolo di Danko: adora il rispetto del comando. Danko lo avverte che non è un gioco, e soprattutto non deve pensare di uccidere Noah. Trasformandosi nella sua vera forma, Sylar dice che non ucciderà Noah - lo distruggerà.

Angela chiama Noah da un telefono pubblico e gli racconta del sogno, chiedendogli se sa qualcosa di un posto chiamato "Coyote Sands". Noah sa che qualsiasi cosa sia successa in quel posto è stata tenuta segreta per oltre 20 anni, e non si dovrebbe parlarne. Angela gli rivela che lei e Peter stanno andando lì, come anche Nathan e Claire, e lei vuole che anche Noah sia presente; "E' tempo che voi sappiate la verità". Noah le dice del cadavere di Sylar e dei suoi dubbi. Angela lo avverte di lasciar perdere, ma Noah vuole controllare il cadavere ancora una volta. Dunque torna nella stanza dove i cadaveri vengono conservati, ma quello di Sylar è sparito. Chiede notizie del corpo a un agente e questo gli dice che è stato mandato al forno crematorio. Angela prega Noah di lasciar stare e, dopo che lei capisce che HRG ha riattaccato il telefono, urla il suo nome.

Mohinder irrompe nel vecchio appartamento di suo padre, e trova la stanza completamente vuota. Il proprietario entra e nota la serratura rotta, dicendo a Mohinder che dovrà pagarla. Quando Mohinder chiede le carte del lavoro di suo padre, il proprietario gli dice che la Sicurezza Nazionale è venuta e ha portato via tutto. Ma Chandra conservava alcune cose nel suo magazzino del seminterrato e il padrone di casa chiede a Mohinder di portar via tutto.

Hiro e Ando fanno l'autostop sulla superstrada. Ando crede che nessuno darà un passaggio a due giapponesi con un bambino, ma Hiro gli dice di non essere così pessimista. In quel momento, un camion rallenta e si ferma; Hiro e Ando ci salgono sopra. L'autista sembra giapponese, ma non capisce la lingua; ha un accento texano e chiede a Hiro di parlare inglese. Hiro si presenta e presenta Ando e il piccolo Matt, e l'autista si presenta come Sam Douglas. Hiro gli spiega la situazione, e Sam dice di conoscere un amico che potrebbe aiutarli con l'auto. Appena il camion parte, il piccolo Matt inizia a piangere e tutte le cose sul camion di Sam si spengono. Hiro e Ando finalmente capiscono che quando il piccolo Matt è felice fa andare le cose, ma quando è triste si spegne tutto.

Nella sua macchina, Matt aspetta Danko fuori dall'Edificio 26. Quando lo vede uscire, Matt entra nella sua testa, facendogli credere che qualcosa non va, che non può fidarsi di nessuno, e che la persona a lui più cara è in pericolo e deve assolutamente controllare se va tutto bene. Danko chiama un taxi, e Matt lo segue.

Noah va al forno crematorio. Apre una borsa per cadaveri e ci trova una donna bionda con un proiettile in testa, e si mette ad aprire un'altra borsa che sembra contenere il "corpo" di Sylar. Noah dice ad alcuni agenti di impugnare le loro pistole e prepararsi a sparare, visto che fra poco lui tirerà fuori la lama dalla base del collo, cosa che permetterà a Sylar di rigenerarsi. Appena ha tirato fuori la lama, gli agenti sembrano impauriti e confusi. Dopo un pò che il corpo non si rigenera, Noah dice agli agenti di prendere la lama per un'esame del DNA. Uno degli agenti dice a Noah che il corpo deve essere cremato, ma lui chiede di non farlo. Gli agenti spiegano che si tratta di un'ordine mentre Noah si avvicina alla testa del cadavere e chiede: "Chi sei tu?".

Danko incontra una donna fuor dalla porta della casa di lei e Matt li vede abbracciarsi. Danko chiede alla donna se va tutto bene per poi entrare insieme nella casa di lei. Matt apre la portiera dell'auto e tira fuori la pistola.

Sandra incontra Noah nel suo appartamento. Lui le chiede se vuole avere notizie di Claire, ma lei gli dice che la figlia ha chiamato e sta bene; Sandra vuole solo far firmare a Noah delle carte di divorzio. Lui chiede spiegazioni e lei si lamenta di tutte le bugie che le ha raccontato, di tutte le armi che lui ha portato in casa e di aver messo in pericolo la vita dei loro figli. Sandra dice a Noah di aver anche cambiato le serrature delle porte. Noah la prega di non buttare via i loro 22 anni di matrimonio ma lei gli dice che ormai è troppo tardi e che non lo ama più. Sandra lo accusa di essere un bugiardo, un traditore e di non preoccuparsi per la sua famiglia, non lo ama più, non gli crede più e addirittura non lo rispetta più. Noah è disperato e confuso mentre Sandra esce dalla stanza.

Su un marciapiede fuori dall'edificio dell'appartamento di Noah, Sandra cammina soddisfatta fino a quando si ferma in un'angolo e si trasforma in Sylar. Sylar sorride e se ne va.

Sam chiede a Hiro e Ando di portare via il "bambino magico" dal suo camion così che possa consegnare la roba nel camion. I due lo riportano nell'automobile di prima e provano a fare delle facce buffe fino a quando il piccolo Matt non smeterà di piangere. Quando Ando fa ridere il bambino con la sua faccia, Hiro accende l'automobile e parte. Ando è sicuro di non riuscire a mantenere quella faccia fino a New York, ma Hiro lo incita a farlo.

Danko saluta Alena mentre Matt li ascolta da dietro l'angolo. Matt sente che lei lo chiama Jakob e sente Danko dire che deve tornare a Chicago. Una macchina si avvicina alla casa e Danko dice a lei di sorridere, sarà di ritorno molto presto. Danko se ne va e Matt entra nella casa di Alena; lui le punta addosso una pistola di nascosto, ma la abbassa subito e, mentre cerca di andare via, lei lo nota. Lei crede che Matt sia stato mandato lì dall'agenzia di escort e lui capisce che Danko è un suo cliente. Matt usa la sua abilità per convincerla che lui lavora con Danko. Lei è compiaciuta e lo invita a sedersi; Alena non ha mai conosciuto un amico di Jakob.

Nell'Edificio 26 Noah sta per firmare le carte del divorzio quando nota qualcosa di strano nella firma di Sandra; controlla i file del servizio bancario per avere una fima da confrontare e capisce che non è stata Sandra a firmare quei fogli. Chiama immediatamente il laboratorio per gli esami del DNA e Nigel gli conferma che il DNA della lama è quello di James Martin. Noah capisce che Sylar può trasformarsi e se ne va.

Matt e Alena sono seduti e guardano alcune foto, mentre parlano di Danko. L'immagine che ha Alena di Danko è molto lontana dalla verità. Lei crede che lui sia sposato e abbia dei figli a Chicago. Lui ha promesso di divorziare dalla moglie e trasferirsi a Washington quando i suoi figli saranno grandi. Lei sa che la situazione non è delle migliori, ma Danko la ama. Matt pensa che probabilmente lui la ama, ma non la merita. Matt le dimostrerà che Danko è un grande bugiardo.

Hiro chiama Mohinder sul cellulare e il dottore gli dice che Matt è a Washington DC, ma è pieno di rancore. Hiro scrive l'indirizzo che gli da Mohinder, Ando fa la faccia buffa, e partono alla volta di Washington per salvare Matt.

A poca distanza da loro, Claire e Nathan stanno guardando su una mappa la posizione di Coyote Sands. Lo trovano e volano via.

Mohinder, leggendo alcuni documenti del padre nel suo appartamento, trova informazioni sul progetto Icarus, che ha sede a Coyote Sands.

Sandra entra nel suo appartamento; Noah si sta nascondendo con la sua pistola pronta. HRG minaccia Sandra di ucciderla se avesse pronunciato una sola parola. Lei gli chiede cosa sta facendo. Noah crede che Sandra sia Sylar. Non c'è nulla che gli farà credere il contrario, pensa che sia uno dei trucchi di Sylar. Noah la spinge sul tavolo e continua ad interrogarla. Sandra inizia a piangere, pregando Noah di fermarsi. Il cellulare di Sandra squilla e Noah risponde. E' Lyle che vuole sapere dove sono le pillole per Mr. Babbani. Sandra dice a Noah dove si trovano e lui lo dice a Lyle. HRG capisce di aver commesso un colossale errore e mette via la pistola, lasciando il cellulare sul tavolo. Sandra si sistema e gli ordina di andarsene; Noah cerca di spiegare le ragioni del suo comportamento e le dice di Sylar e dei documenti del divorzio. Sandra replica che questa idea di Sylar del divorzio probabilmente è buona. Noah cerca di farle capire che lei sta facendo proprio quello che Sylar vuole. Sandra gli urla di andarsene. Noah vorrebbe che sua moglie gli creda ma Sandra dice che oramai è troppo tardi. Noah se ne va sconsolato e Sandra chiude la porta a chiave; in quel momento la faccia di Noah cambia, sembra determinato a fare qualcosa.

Danko è nel suo appartamento quando Alena bussa alla sua porta. Lui non capisce come abbia fatto lei a trovarlo e Alena cerca di capire come mai vive in Washington DC. Matt è dietro di lei con la pistola puntata, rivelando che è stato lui a portare Alena da Danko. Matt li forza ad entrare nell'appartamento e costringe Danko a dire la verità ad Alena, con l'ausilio del potere mentale. Matt fa in modo che Danko racconti ad Alena anche di Daphne. Alena chiede a Danko perché ha mentito e lui le risponde che era costretto. Matt capisce che Danko è veramente innamorato di Alena; quindi per vendicarsi, Matt decide di sparare ad Alena per far soffrire Danko tanto quanto ha sofferto lui. Danko incita Matt ad andare fino in fondo perché così legittimerà la caccia alle persone con poteri. Matt si scusa con Alena, ma non trova nessun altro modo per far soffrire Danko. Ma alla fine non ci riesce e abbassa la pistola, versando qualche lacrima. Danko impugna la sua e la punta contro Matt. Alena lo prega di non sparare, ma lui non la ascolta e preme il grilletto. Hiro blocca il tempo prima che il proiettile raggiunga Matt e lo porta via. Alena ora vede Danko come un mostro e gli dice di starle lontana.

Noah cammina nel centro di controllo dell'Edificio 26 fino all'ufficio di Danko. Non indossa i suoi occhiali. Appena entra nell'ufficio, chiude le tende e si gira verso Danko. Danko gli chiede cosa vuole e Noah fa finta di essere Sylar; dice a Danko che Noah ha deliberatamente nascosto dei files della Primatech. Danko prende in mano i files dicendo di non essere sorpreso. Noah quindi tira fuori la pistola, disarma Danko e gli fa capire che lo ritiene uno stupido per aver formato un'alleanza con Sylar. Danko chiede a Noah cosa vuole e lui dice di voler Sylar morto. Danko rivela a Noah che Sylar è in missione, trasformato da Agente Donner, con il team 6; saranno di ritorno entro un'ora. Noah aspetterà e così farà anche Danko.

Matt e Hiro stanno camminando insieme. Matt ringrazia Hiro, anche se non voleva essere salvato. Hiro spiega a Matt che gli eroi non cercano ringraziamenti, lui doveva salvarlo perché Matt è un'eroe, non un cattivo. Ando interrompe quello che sta facendo quando vede Matt e Hiro; è seduto sull'erba insieme al piccolo Matt ed alcuni giochi. Hiro presenta i due Matt Parkman, dicendo al padre che un figlio ha bisogno dei genitori. Matt si innamora istantaneamente di suo figlio e lui, felice, fa partire la macchinina giocattolo.

Il team 6 torna all'Edificio 26 e Noah insieme a Danko sono pronti ad attenderli. Noah si congratula con Donner per il successo, ma gli punta addosso una pistola non appena Donner si gira. Noah chiede agli altri agenti di puntare le pistole alla base del cranio di Donner perché lui in realtà è Sylar, poiché ha la capacità di trasformarsi. Donner cerca di convincere tutti di non essere Sylar e Danko si rifiuta di supportare le accuse di Noah. Noah rivela che Danko e Sylar stanno lavorando insieme. Danko fa credere a tutti che Noah è sotto stress e Donner pensa al divorzio con Sandra. Solo Noah, Sandra e Sylar sanno delle carte del divorzio, quindi Noah gli chiede come fa a sapere una cosa del genere. Noah prende la mira alla base del cranio di Donner, ma uno degli altri agenti lo colpisce alla mano e la pistola cade appena dopo aver sparato. Noah insiste e cerca di convincere tutti di stare a guardare Sylar guarire (il proiettile non è entrato nella base del collo), ma Sylar non guarisce. Donner non si risveglia e Danko ne controlla il polso, dichiarandolo morto. Noah spinge indietro Danko e se ne va dalla stanza puntando la pistola alla testa di Danko. Non appena raggiunge la porta, corre via.

Danko ordina a tutti gli uomini nella stanza di inseguire Noah e quindi si avvicina a Donner, dicendo che non aveva altra scelta, se non quella di condurre Noah a lui. Sylar guarisce e si trasforma nella sua forma originale, espellendo il proiettile. E' molto arrabbiato: Danko ha rischiato di farlo uccidere. Danko non pensava che Sylar potesse sanguinare così tanto e lui gli rivela di averne fatto uscire tanto per fare un pò di spettacolo.

Noah chiama Sandra e le lascia un messaggio d'amore. Le promette di richiamarla più tardi. Mohinder prepara una nuova mappa, con Coyote Sands al centro, e impacchetta i files del padre. Hiro e Ando portano del cibo ai due Matt che giocano sul prato. Danko chiama Alena per scusarsi con lei; cerca di farle capire che Jakob non è tutta una bugia, è quello che vorrebbe essere. Ma Alena ignora le sue scuse.

Angela e Peter stanno arrivando a Coyote Sands. Lui ancora non sa perché Angela vuole andare lì e lei gli rivela che tutto è cominciato in quel posto. Nathan e Claire atterrano vicino a loro. Peter è visibilmente arrabbiato nel vedere Nathan. Claire cerca di parlare con Peter e Nathan chiede ad Angela perché li ha condotti tutti qui. Angela non voleva che sapessero di Coyote Sands, ma ora capisce di aver commesso un errore. Apre il baule della macchina e tira fuori una pala e dice a Claire, Peter e Nathan di scavare nel passato per prepararsi al futuro.

Più tardi, quella notte, i tre hanno scavato molte buche e Nathan scopre una tomba. Angela si sente male alla sola vista dei resti di una persona e Peter le chiede se la conoscesse. Lei dice di conoscere tutte le persone sepolte lì. Nathan le chiede come mai così tante persone sono seppellite lì e Angela lo invita a continuare a scavare. Claire conforta Angela e nota l'arrivo di una macchina. E' Noah.