Claire fa una visita a sorpresa a Bennet nella sua cella alla Primatech Paper, ma l’uomo riconosce immediatamente che si tratta di Candice, la mutante crea-illusioni. Thompson avverte Bennet che aspetta l’ordine di ucciderlo da parte dei suoi capi da un momento all’altro.

Linderman dice a Nathan che il suo scopo è guarire e salvare il mondo. Per dimostrarlo, Linderman passa la mano davanti a una pianta morente e i fiori immediatamente riprendono vita. Nel frattempo, i pensieri di Bennet svegliano Matt nella cella in cui è rinchiuso. Telepaticamente, Bennet dà a Parkman istruzioni su come evadere.

Linderman rivela alcuni dettagli del suo passato: scoprì il suo potere quando era molto giovane, trovò altri come lui e insieme cercarono di avere un impatto positivo sul mondo. Tuttavia alcuni di loro, dice, diventarono corrotti. Il magnate pensa che l’incombente esplosione sarà benefica: ucciderà gli abitanti di New York, ma in fondo, dice, si tratta solo dello 0.07% della popolazione mondiale e lo shock consentirà all’umanità di sentirsi unita per una causa comune. Linderman pensa che sia il destino di Nathan essere il leader attorno al quale la città, la nazione e il mondo si stringeranno nel momento del bisogno.

Peter usa il suo potere per respingere l’attacco di Sylar e atterrarlo. Suresh, non più immobilizzato dalla telecinesi di Sylar, cade a terra. Mentre l’avversario si riprende, Peter diventa invisibile. Sylar solleva centinaia di schegge di vetro in aria e le scaglia in tutte le direzioni: una trova il bersaglio nella nuca di Peter, uccidendolo istantaneamente. Mohinder approfitta del momento per stordire Sylar, afferrare il corpo di Peter e darsi alla fuga.

Angela Petrelli mostra a Claire alcune foto di famiglia e le parla del suo padre biologico e di suo zio. Afferma che lei stessa insieme al marito avevano fatto “piani” per Claire ed erano al corrente delle sue abilità. Angela la informa che la porterà a Parigi, dove dovrà restare nascosta fino a che non si saranno calmate le acque.

Quando si risveglia, Sylar scopre che “la lista” è sparita, ma riesce a trovare l’indirizzo di Isaac. A Las Vegas, D.L. ha una lite con Jessica per via del suo lavoro per Linderman. L’uomo minaccia di portare via Micah, ma viene interrotto dagli sgherri di Linderman venuti a scortare Jessica al Casinò.

Matt continua la sua fuga. Seguendo i pensieri di Bennet, trova Ted e lo libera. Quando si accorge della fuga di Matt, Thompson dà l’allarme. A New York, Suresh porta il corpo senza vita di Peter a casa di Angela Petrelli.

Linderman dice a Niki/Jessica che il suo piano per manovrare le elezioni è in atto e che dovrà “prendere in prestito” Micah. La donna si rifiuta di coinvolgere il figlio e se ne va. Intanto Matt e Ted continuano la loro fuga. Ted emette una radiazione elettromagnetica che manda l’allarme fuori uso insieme all’elettricità. I due trovano Bennet e insieme a lui riescono a fuggire dall’edificio.

“Non doveva morire così” mormora Nathan abbracciando il corpo di Peter. In quel momento Claire scende le scale e vede lo zio morto. Claire nota la scheggia conficcata nella nuca di Peter, la rimuove e il giovane riprende subito vita.

Mentre Peter sta avendo un chiarimento con Nathan, entra la signora Petrelli e dice loro che ha sempre saputo delle loro abilità speciali. Nel frattempo Matt, Ted, e Bennet organizzano la loro prossima mossa. Matt fa il nome di Linderman e Bennet si rende conto che Linderman è il capo dell’Organizzazione. Bennet sa che l’Organizzazione ha un sistema che gli consente di rintracciare gli eroi e propone di andare a a New York, al quartier generale, per distruggerlo.

Niki va a prendere Micah a scuola e lo porta da Linderman, o così pensa Micah; in realtà è Candice che ha preso le sembianze di Niki. A New York, Suresh discute con Thompson della necessità di fermare Sylar. Thompson offre a Suresh un lavoro come ricercatore per l’Organizzazione. Dall’altra parte della città, Isaac si volta e vede Sylar nel suo appartamento. Il pittore è preparato a ciò che accadrà; prima che Sylar lo uccida ha fatto in tempo a lasciare un messaggio cruciale...

Nathan scambia due parole con sua figlia Claire. Le chiede scusa per non essere stato presente nella sua vita, ma le dice che deve andare a Parigi fino a dopo le elezioni. Nel frattempo, Sylar dipinge un ritratto di Nathan come Presidente degli Stati Uniti mentre il corpo senza vita di Isaac giace sul pavimento lì accanto.

Cinque anni dopo, nel futuro, Hiro e Ando contemplano una New York parzialmente distrutta. Hiro decide di scoprire cosa sia andato storto in modo da poter tornare indietro e impedire l’esplosione. Entrano nell studio di Isaac e vi trovano una fitta rete di fili appesi al soffitto e attaccati ai fili, appunti, ritagli di giornale e foto di persone con poteri speciali. E dentro l’appartamento c’è un’altra sorpresa: Hiro del futuro! Questi non sembra proprio contento di vedere il “vecchio” se stesso...