Peter chiede aiuto all'uomo invisibile per controllare i suoi poteri, ma questi avverte minacciosamente Peter di stargli lontano. Nel frattempo, Matt dimostra a Janice che è davvero in grado di leggere i suoi pensieri. Alla Primatech continuano a lavorare per comprendere le abilità di Sylar anche se i test stanno portando il prigioniero vicino alla morte.

Hiro tenta di fermare il tempo per tirarsi fuori da un ingorgo in un parcheggio, ma i suoi poteri non funzionano – e lui si convince ancora di più che solo la spada glieli può restituire. Quando con Ando raggiungono la macchina, avvistano un uomo armato dall'aria sospetta. Si voltano per fuggire, ma un furgone nero sbarra loro la strada.

Nathan si reca da Mohinder in cerca dello scomparso Peter. Suresh gli spiega cosa ha scoperto sulle ricerche del padre e sulla lista delle persone con abilità speciali. Lo scienziato pensa che il potere di Peter di assorbire altra abilità come una spugna potrebbe diventare pericoloso e vorrebbe studiare il ragazzo per aiutarlo.

Peter segue l'uomo invisibile fin sul tetto dell’edificio che una volta ospitava il suo paziente, Charles Deveaux. Ancora una volta l'uomo, di nome, Claude, rifiuta bruscamente le richieste d'aiuto di Peter.

Zach cerca indizi sulla Primatech nel computer di Bennet, ma non trova niente e riesce a spegnere tutto appena in tempo prima del ritorno improvviso del proprietario. Zach e Claire inventano la storia di dover collaborare a un progetto di scienze per la scuola.

Janice non si convince che il marito sia stato rapito ed è allarmata alla prospettiva che Matt si metta a dare la caccia ai fantomatici responsabili. Il poliziotto interrompe bruscamente la conversazione per presentarsi davanti a una commissione disciplinare relativa alla perquisizione della Primatech.

Hiro riesce a sfuggire ai suoi inseguitori ma Ando non è altrettanto fortunato. Hiro offre se stesso in cambio dell'amico ma per tutta risposta, vengono prelevati entrambi.

Niki si sveglia nella sua cella nel reparto pischiatrico per andare al suo appuntamento con il medico che deve visitarla. La dott.ssa Witherson è sicura che Niki sia un classico caso di personalità multipla; Niki le chiede dosi più massicce di farmaci per poter tenere Jessica a bada.

D.L. non trova facile essere un buon padre. Micah lo paragona sfavorevolmente alla madre e lui ha serie preoccupazioni finanziarie. A Odessa, Claire chiede all'Haitiano chi siano i suoi veri genitori; questi le risponde che non sa niente di suo padre, ma che sua madre è morta in un'esplosione 14 anni prima.

La signora Bennet sta dicendo a suo marito che Lyle è stranamente distratto ultimamente, quando una telefonata dalla Primatech avverte Bennet che Sylar è morto. Bennet ordina che il corpo sia preparato per la “spedizione”. Quando il dottore libera Sylar dalle cinghie del suo lettino, gli occhi del “paziente” si aprono istantaneamente.

Zach trova un articolo di giornale su un incendio che ha avuto luogo a Kermit, in Texas, 14 anni prima. Una donna di nome Meredith Gordon rimase uccisa insieme alla sua bambina di 18 mesi. Zach pensa che la bambina possa essere Claire e che ci siano dei suoi parenti ancora in vita in quella zona.

I membri della commissione ascoltano le spiegazioni di Matt e gli chiedono se è sicuro di volere che sia messa a verbale la sua storia– su un rappresentante di un'industria di carta che nasconde un malvagio serial killer . Matt ascolta i pensieri increduli della commissione e ritratta le sue dichiarazioni. La commissione lo sospende per sei mesi.

All'interno del furgone, uno dei rapitori di Hiro e Ando rivela che il suo potente superiore è al corrente della loro missione ed esige che desistano. In cambio offre loro biglietti di prima classe per tornare in Giappone, ma Hiro rifiuta.

Peter sta facendo le valigie, deciso a sparire da New York, quando Nathan in compagnia di Mohinder si presenta a casa sua. Suresh offre il suo aiuto, ma Peter crede che non ci sia tempo per gli esperimenti: bisogna evitare l'esplosione. Nathan minaccia di farlo internare in un ospedale psichiatrico se continuerà a non collaborare, ma Peter riesce a fuggire mentre il fratello gli dà le spalle. Ritornato dall'uomo invisibile lo convince ad aiutarlo. Claude pensa che il potere di Peter sia basato sull'empatia e dice che addestrarlo sarà più difficile del previsto.

Matt racconta a Janice della sospensione, ma lei ha in serbo una sorpresa. Leggendone i pensieri, Matt scopre che la moglie è incinta.

Niki decide di continuare gli incontri con la dott.ssa Witherson nella speranza di poter tornare da suo figlio. Witherson chiede di parlare con Jessica ma Niki non vuole rischiare che Jessica la domini di nuovo. La psichiatra allora minaccia di non farle vedere più Micah se non collabora.

D.L. ammette con suo figlio che non riesce a tenere ogni cosa sotto controllo e gli chiede di dargli una mano. Micah promette e abbraccia il padre, poi, come prova della sua buona volontà mostra allo stupefatto D.L. un mucchio di denaro in contanti che ha prelevato da un bancomat. "Anch'io ho un segreto" confessa il bambino.

I rapitori di Hiro e Ando arrestano il forgone e li conducono dal loro misterioso boss. "Papà?!" esclama Hiro folgorato.

Claire chiama pazientemente tutti i Gordon sull'elenco telefonico e dice che sta cercando qualcuno imparentato con una certa Meredith Gordon. Con suo grande shock, una donna che risponde alla sua chiamata afferma di essere Meredith Gordon. Claire non può vederla, ma la donna è capace di creare il fuoco dal nulla.

Bennet entra nella cella di Sylar e solleva il lenzuolo che ricopre il corpo, ma sotto non c'è Sylar. C'è il dottore. Bennet si volta e vede Sylar in piedi lì accanto, con una sola domanda che gli preme: "Come sta Claire?".