Ando e Hiro nel futuro vanno nello studio di Isaac Mendez, ma al posto del solito studio con tele, vernici e pennelli trovano una stanza piena di fili colorati che s'intrecciano tra loro. Questi costituiscono una mappa temporale con tutti gli eventi accaduti nel passato, attraverso i vari personaggi con abilità innate. Mentre i due studiano la mappa un uomo appare dietro di loro: è l'Hiro del futuro!
Hiro del futuro spiega che New York è rasa al suolo dopo la bomba di cinque anni prima, un uomo di nome Sylar è esploso nel cuore della città.
Spiega inoltre di aver trovato il punto esatto nel passato dove poter cambiare gli eventi futuri: deve avvisare Peter Petrelli, il 4 Ottobre in metropolitana, di salvare una cheerleader. Hiro del passato gli spiega che la ragazza è già stata salvata. Hiro del futuro è felice, questo vuol dire che Sylar non ha preso il suo potere rigenerativo, e chiede se Sylar è già stato ucciso dall'Hiro del passato. Dopo aver capito che questo non è successo ordina loro di tornare nel passato e uccidere Sylar il giorno che la bomba esploderà a New York.
In quel momento incombe la sicurezza nazionale che cattura l'Hiro del passato, mentre Ando e l'altro Hiro rioescono a mettersi in salvo. A capo di tutto questo c'è Matt Parkman aiutato dall'Haitiano.
Hiro del futuro racconta a Ando di essere ricercato perchè considerato un terrorista. Non possono salvare Hiro da soli perchè l'Haitiano può bloccare i loro poteri, devono dunque chiedere aiuto ad un'altra persona: Peter Petrelli.
Si ritrovano a Las Vegas da Niki Sanders, fidanzata di Peter, che su un palco esegue uno strip molto sexy, con il nome d'arte di Jessica. Alla fine dello spettacolo i due chiedono a lei se sa dove si trova Peter Petrelli perchè hanno urgenza di parlare con loro a proposito di Sylar. Niki non vuole sentire quel nome e dice che Peter non è interessato a loro. Hiro allora chiede se sa dove si trova Bennet ma lei ipotizza che forse è ancora in Texas.
Quando Niki va al bancone del bar di fianco a lei appare Peter che fino ad ora era stato invisibile: una cicatrice gli attraversa il viso.
Al televisore danno uno speciale in ricordo dell'accaduto di New York cinque anni prima, si scopre che Niki in quell'esplosione ha perso il figlio e il marito.


Nel frattempo l'Hiro del passato è tenuto prigioniero da Matt Parman e l'Haitiano. Matt interroga Hiro sui suoi atti di terrorismo ma non scopre niente, nemmeno con l'uso della lettura del pensiero, visto che l'Hiro del passato non ne è a conoscenza.
Si scopre che nel futuro le persone con abilità sono costrette a nascondersi dalla società perchè considerati un pericolo.
Matt spiega tutto al suo capo superiore, il presidente degli Stati Uniti, ovvero Nathan Petrelli.


Nathan parla con il professor Mohinder Suresh per sapere a che punto è lo studio dei poteri genetici e per una possibile cancellazione di queste abilità, visto che la gente ha paura di un altro Sylar in circolazione. Ordina quindi di usare il siero che ha progettato anche se non è sicuro che funzioni o che possa provocare la morte di una persona.
Inoltre gli ordina di andare a New York dove è stato catturato Hiro Nakamura.
Quando arriva nello studio di Isaac studia con piacere la mappa temporale.

In Texas il Signor Bennet aiuta le famiglie con componenti "speciali" a mettersi in salvo, dando loro false identità e campioni di sangue estranei, assieme a lui ad aiutarlo c'è Hana Gilman. Arrivano l'Hiro del futuro e Ando in cerca di aiuto, ma Bennet si rifiuta. Tra le loro discussioni Ando rivela che Claire è viva grazie al messaggio di Hiro dal futuro. Bennet rimane sorpreso e presto capiano il perchè. Claire infatti è viva, lontana da casa e sotto falsa identità: si chiama Sandra e ha i capelli castano scuro, lavora in un caffè, ha un fidanzato e presto si sposerà, ma l'arrivo di suo padre porta nuove notizie. Lui infatti la informa che sanno che è viva e le chiede di cambiare vita un'altra volta dandogli una nuova identità.

A New York il professor Suresh scopre che il giorno in cui era in metropolitana con Peter Petrelli tutte le parole del ragazzo erano vere, inoltre trova un numero del fumetto 9yh Wonders! e lo prende con sè, poi va dall'Hiro del passato per procedere con il primo test per fermare le abilità delle persone speciali.

Mentre l'Hiro del futuro studia un piano per salvare l'Hiro del passato, ando chiede informazioni sul suo futuro, ma non riceve alcuna risposta. La Sicurezza Nazionale invade l'appartamento in cui si trovano e i due sembrano essere catturati, quando appare Peter Petrelli che in grande stile atterra le guardie e poi ferma il tempo e mette in salvo i due eroi.
Matt Parkman rimane a mani vuote. Si scopre che è stato il Signor Bennet ad averlo informato, sicuro della sua scelta perchè Matt sa i suoi segreti e lui ha messo in salvo la sua famiglia (sua moglie Janisse e suo figlio Matthew). Ma il loro accordo termina in quel momento: Bennet scopre che Hana è stata uccisa e lui farà la stessa fine ora che Matt ha scoperto che la figlia del Presidente è ancora viva.
Matt raggiunge Claire e la porta via con sè.

A Las Vegas Peter rivela a Ando che lui nel futuro non esiste perchè è morto nell'esplosione e l'Hiro del futuro è diventato un vendicatore dopo quella perdita.
Arriva Niki e i due litigano per ciò che li aspetta. Peter confessa che la bomba cinque anni prima non è stata opera di Sylar ma è stato lui ad esplodere e con l'aiuto di suo fratello Nathan hanno messo tutto a tacere.

A Manhattan Claire attende il vero padre, Nathan Petrelli. In realtà non è Nathan ma Sylar che, con il potere di Candice, ha cambiato le sue sembianse. Finalmente può usccidere la cheerleader e avere il suo potere.

Intanto Peter, Ando e l'Hiro del futuro vanno a salvare l'altro Hiro. I due eroi sono felici di poter combattere contro le guardie e scopriamo quanto sono aumentati i loro poteri e la loro forza. In contemporane il Presidente degli Stati Uniti fa un discorso alla comunità in memoria della bomba che ha raso al suolo New York. Alla fine del discorso riceve una telefonata che lo avvisa dell'arrivo di Peter alla Sicurezza Nazionale. Nathan senza pensarci spicca il volo in diretta mondiale e raggiunge l'edificio.
Mohinder Suresh nel frattempo invece di uccidere, con l'iniezione, l'Hiro del passato, uccide l'Haitiano assieme a lui. Spiega che nel fumetto che ha trovato è scritto questo e che Hiro cambierà tutto il futuro.

Arrivano Hiro del futuro, Ando e Peter ma si annuncia una battaglia. Matt Parkman fredda l'Hiro del futuro alle spalle e mentre l'Hiro del passato e Ando cercano di tornare nel passato, Peter deve vedersela con suo fratello Nathan. Ma i poteri del fratelli sono aumentati e Peter scopre che si tratta di Sylar.
Mentre i due combattono Ando e Hiro tornano nel passato per cercare di salvare il mondo.