Nadia, sorellastra di Sydney, è riluttante a tornare allo spionaggio dopo aver scoperto la verità su suo padre Arvin Sloane; Sarà Vaughn a convincerla a tornare per salvare la vita della sua sorellastra. Infatti Sydney è stata catturata dal samurai che la tortura e la sta per uccidere. Syd scopre che il samurai la uccide su incarico, parla infatti di un contratto stipulato fra lui ed una misteriosa persona. Nadia giunge a soccorrere Syd, la salva dalle grinfie dei suoi persecutori ma è Syd che in un drammatico scontro finale uccide con la spada il Samurai.. egli sta per morire ma con un filo di voce dice a Sydney che ad incaricarlo di ucciderla è stata sua madre, Irina. In un drammatico faccia a faccia Syd parla con Jack ed i due sembrano potersi finalmente chiarire.
La prima missione del nuovo nucleo operativo ha avuto successo: ma molti misteri restano da scoprire.