STAGIONE:  
  
Prima TV :16.03.2005
Negli uffici dell'APO, Sloane dice a Jack e Sydney che le informazioni scaricate dal microchip rivelano che un dispositivo di tracciamento biometrico è in corso di sviluppo in Austria: se venisse attaccato ad un'arma, il dispositivo potrebbe facilitare enormemente il tracciamento di un individuo in base ad un semplice campione di DNA o ad una scansione biometrica.
In un night-club di Salisburgo, Sydney fa amicizia con Sam Hauser, un barista americano, ed usa la sua tessera magnetica identificativa per entrare nella zona degli uffici: Sydney trova un rapporto che informa che il dispositivo biometrico è stato spostato e verrà portato fuori dal Paese in mattinata, già installato su un'arma. Una guardia sorprende Sydney e le spara addosso: lei però lo blocca ed ascolta sul suo walkie-talkie che l'arma si trova nel magazzino Delongpre, e che le guardie hanno scoperto dell'accesso irregolare avvenuto tramite la tessera magnetica di Sam e che adesso sono sulle sue tracce per ucciderlo. Dopo che Marshall le conferma che Sam è un cittadino americano, Sydney scappa con lui, e lo lascia con il suo contatto austriaco in modo che possa essere posto in un programma di protezione.
Nel magazzino, Sydney scopre che l'arma è stata montata su un mini-elicottero d'assalto, e dice a Sam di aspettare nel furgoncino. Sydney si libera delle guardie e tenta di recuperare il mini-elicottero, ma il sistema si attiva con l'obiettivo di eliminarla. Mentre il mini-elicottero spara a raffica, Sydney scappa per i corridoi del magazzino e cerca di nascondersi con difficoltà. Mentre Sam aspetta, viene ferito da un uomo di Korjev: Sydney colpisce l'uomo, ma il mini-elicottero la ritrova e le spara: Sydney si ripara in fretta con il corpo dell'uomo, ingannando il mini-elicottero che vede il volto di Sydney sotto il cadavere e pensa che la sua missione sia stata compiuta, disattivandosi.
Sydney torna a Los Angeles negli uffici dell'APO proprio mentre il padre Jack sta andando via. Jack le dice che pensa di cenare prima di tornare a casa, e Sydney gli propone di unirsi a lui e cenare insieme.

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