STAGIONE:  
  
Prima TV :06.04.2005
In uno stabilimento nucleare in Siberia, due uomini bloccano un prigioniero svenuto in una camera di prova, mentre uno scienziato osserva dietro un vetro: quando il prigioniero si sveglia, capisce di essere il soggetto di un esperimento: la pelle e la carne dell'uomo si sciolgono letteralmente, e l'uomo muore.
Partendo dalla parola "Usignolo", che Sophia Vargas aveva comunicato a Vaughn come termine pronunciato da Bill prima di scomparire, Sydney trova una connessione con il dott. Josef Vlachko, scienziato russo, che al momento lavora con Hans Dietrich, un trafficante d'armi che ha versato più di un milione di euro su un conto corrente dal nome "Nachtigall", ovvero "Usignolo". Sydney continua a cercare sulla stessa pista.
Un preoccupato Sloane chiede a Jack quanto Sydney e Vaughn conoscano: Jack suggerisce di lasciarli proseguire nella loro ricerca, che probabilmente li porterà sulle tracce di Elena Derevko.
Fingendo con Nadia e Weiss di partire per qualche giorno di ferie, Sydney e Vaughn vanno a Monaco, nel locale di proprietà di Dietrich dove lui ed i suoi uomini vanno a bere birra. Vestita da cameriera, Sydney attrae a sè Dietrich e lo porta nel retro del locale, dove lo colpisce e recupera l'hard disk dal suo computer. Mentre gli uomini di Dietrich arrivano, Sydney e Vaughn riescono a fuggire rocambolescamente.

Jack invita Sydney a cena per scoprire qualcosa di più su quanto lei e Vaughn hanno trovato: Sydney gli dice quanto ha appena scoperto, ovvero che Vlachko sta eseguendo il progetto Usignolo in una centrale nucleare abbandonata in Siberia, usando degli uomini come soggetti di prova. Jack cerca di convincere Sydney a parlare all'APO di quanto ha scoperto.
In Siberia Sydney rimane intrappolata nella camera mentre inizia il conto alla rovescia per l'avvio di un'altra sessione di "Usignolo". Vaughn non riesce a fermare il reattore, allora Marshall li avverte che l'unico modo per interrompere il conto alla rovescia è l'accesso diretto al nucleo.
Sydney esce dalla camera e passa la serpentina a Vaughn: i due si baciano, poi Vaughn colpisce Sydney e fugge con la serpentina mentre Sydney lo guarda andar via. Sydney poi incontra il padre Jack e lo informa che Vaughn è scappato con la serpentina e l'ha colpita.
A Los Angeles, Jack e Sloane discutono di quanto accaduto e della fuga di Vaughn. Sydney riceve un SMS da Vaughn che la informa che per ora tutto va bene.

Per questa guida si ringrazia:
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