Sydney arriva alla sede dell'APO e dice a Jack che Dixon, che afferma di aver vista viva Irina, potrebbe averlo affermato in preda alla malattia. Jack afferma di aver ucciso una donna che credeva fosse Irina, e ricorda a Sydney della tecnologia di duplicazione del Protocollo Helix.
La squadra crede che Sloane ed Elena abbiano attivato il dispositivo di Rambaldi a Sovogda, causando aggressività improvvisa nei suoi abitanti: l'acqua contaminata della città, insieme ai principi chimici attivi dell'Orchidea, hanno reso i cittadini sottomessi al dispositivo di Mueller, e l'unica soluzione è disarmare correttamente il dispositivo. Irina Derevko, che a quanto pare è tenuta prigioniera da Elena, è l'unica in grado di farlo, per cui devono trovare Lucien Nisard e costringerlo a rivelare dove si trova Irina.
a arrivano a Tikal, in Guatemala, e Jack le guida attraverso un percorso satellitare della zona. Sydney e Nadia trovano una cavità sotterranea, e dopo aver scassinato l'apertura trovano Irina. Irina dice a Sydney di sapere che sarebbe venuta, poi fugge con lei e Nadia. Mentre le guardie le inseguono, Sydney resta bloccata in una trappola in mezzo agli alberi e finisce capovolta a mezz'aria. Irina salva Sydney mentre Nadia si occupa di alcune guardie: mentre arrivano altre guardie, Sydney getta loro una granata, e scappa in zattera con Irina e Nadia.
Irina riceve l'autorizzazione a partire in missione, accettando il carcere a vita dopo la conclusione della vicenda, e parlando con Jack di quanto Nadia sia una persona eccezionale si chiede da chi abbia preso, sorridendo a Jack.
Mentre la squadra si prepara a paracadutarsi a Sovogda, Vaughn prende in disparte Sydney e le da' l'anello di fidanzamento, dicendole di voler trascorrere il resto della vita con lei. Piena di gioia, Sydney lo bacia e gli dice di chiederle nuovamente di sposarlo sulla spiaggia a Santa Barbara, come da tempo sognavano di fare.
L'aereo è in volo: le porte si aprono, ed Irina, Jack, Vaughn, Nadia e Sydney si paracadutano sopra Sovogda.