STAGIONE:  
  
Prima TV :30.03.2005
In un night-club all'Avana (Cuba), Sydney invita un uomo a ballare: l'uomo, Alex, è il suo contatto, che le dice che la Terza Fazione sta progettando un attacco su larga scala ad un obiettivo civile, indicando a Sydney dove si trova un hard disk contenente maggiori informazioni, hard disk che viene subito recuperato da Dixon. Sydney ed Alex sono però sorvegliati: lungo la strada per l'aeroporto, dopo una telefonata tra Sydney e Vaughn in cui l'uomo le promette un ballo, delle persone sparano all'autista dell'auto di Sydney, che va fuori strada. Un uomo, Ulrich Kottor, uccide Alex e promette qualcosa di particolare a Sydney, non importa per chi lavori...
Dixon arriva all'APO con l'hard disk: dato che Marshall è in ritardo, ancora a casa con Carrie e il piccolo Mitchell, un altro agente si occupa di decrittare i dati contenuti. Quando l'hard disk viene però attivato, una sostanza tossica fuoriesce: mentre a Dixon, che era nelle vicinanze, viene iniettato un antidoto, l'intero ufficio dell'APO viene chiuso in quarantena per 36 ore.
Marshall arriva intanto nel parcheggio dell'APO, e contattato da Sloane lo informa che i firewall della rete sono al sicuro: Sloane chiede a Marshall di attendere in linea mentre loro contattano Sydney.
Sydney viene risvegliata dal cellulare, e con enorme orrore scopre di essere stata sepolta viva, con il cadavere di Alex accanto. Jack consiglia a Sydney di restare calma, e la informa che non potranno aiutarla per le successive 36 ore dato che l'ufficio è in quarantena. Marshall, l'unico agente dell'APO che non si trova in ufficio, si offre di andare a Cuba e rintracciare il segnale del cellulare di Sydney con un rilevatore di radiofrequenze.
Mentre Dixon migliora, Sloane informa il resto della squadra che la Terza Fazione ha abbastanza tossine per infettare un'intera città. Nonostante il loro stato d'allarme, devono riuscire a scoprire quale città è minacciata ed evitare che la bomba alla Ciclosarina esploda.
Marshall arriva all'Avana e con una vecchia radio crea un rilevatore artigianale. Nel frattempo, Sydney riesce a scattare una foto al suo contatto Alex, e la manda tramite cellulare all'APO. Usando la fotografia, la squadra riesce a collegare l'uomo ad Ulrich Kottor, un'importante figura della Terza Fazione, e l'uomo che ha rinchiuso Sydney nella bara.
La batteria del cellulare di Sydney si scarica totalmente mentre Marshall arriva al cimitero in cui è sepolta: Marshall vede che ci sono troppe tombe scavate di recente per trovare facilmente Sydney, così chiede a Vaughn di dirigere un satellite sulla sua posizione e, usando una visuale termica, arrivare alla posizione di Sydney grazie al suo calore corporeo. Così avviene: Marshall, individuata la posizione di Sydney, scava freneticamente e trova la bara dove si trova Sydney, e praticandole la respirazione bocca a bocca riesce a salvarla. Marshall, esausto, cade al suolo.
All'APO, Sloane afferma di aver trovato informazioni su Kottor: dato che un attacco è imminente, Sydney deve correre dall'uomo, trovare il suo hard disk e trasmetterne i contenuti all'APO in modo che possano fermare l'esplosione. Dato che però Kottor conosce già l'aspetto di Sydney, ad incontrare l'uomo sarà Marshall.
Sydney da' consigli a Marshall su come procedere. Marshall, assumendo l'identità di un intimidatorio Jack Bristow, incontra Kottor nel suo ufficio privato ed ottiene la sua attenzione informandolo che uno dei suoi uomini lo sta tradendo. Tramite la sua scatola di sigari Marshall permette una scansione del portatile di Kottor, e dall'APO Vaughn informa Sydney che non possono accedere ai dati, che si trovano nel seminterrato: Marshall dovrà andare con Kottor nel seminterrato per costringerlo a bloccare i firewall di rete. Mentre Marshall cerca di assemblare la pistola che ha portato per minacciare Kottor, accidentalmente spara ed uccide l'uomo.
Mentre Sydney sta per arrivare, dagli uffici dell'APO Jack indica a Marshall come recuperare (con un cucchiaio!) uno degli occhi di Kottor, necessario per disattivare i firewall: Sydney, usando l'occhio, supera la scansione retinale del sistema di sicurezza del seminterrato dell'edificio, poi Marshall comincia a scaricare i dati dell'hard disk e li trasmette all'APO, mentre Sydney lo copre dagli uomini di Kottor.
Più tardi, Sloane comunica che una bomba alla Ciclosarina è stata trovata prima dell'esplosione ad Hong Kong.
Tornati a Los Angeles, Sydney lascia Marshall in auto a casa: Marshall la invita a cena, ma Sydney rifiuta e dice di dover andare alla stazione dei treni. La mattina dopo, Vaughn, terminata la quarantena, arriva: Vaughn e Sydney ballano lentamente nel bel mezzo della stazione, ignorando il mondo e le persone attorno a loro.

Per questa guida si ringrazia:
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