Per trovare un’arma biologica che, se usata, potrebbe riportare l’umanità al Medioevo, Sidney e Vaughn fingono di essere sposati e si trasferiscono in quella che sembra una tranquilla cittadina. Questo finto matrimonio mette a dura prova il loro rapporto.Un uomo che parla in russo ruba un dispositivo da un camion armato, poi torna a casa in una strada piena di villette e saluta sua moglie in inglese.
All'APO, Sloane afferma che il dispositivo rubato è un EMP, ovvero un'arma ad impulsi elettromagnetici.
A Mosca, Korelko incontra Sydney e Vaughn e da' loro delle nuove identità (adesso i due saranno Karen e David Parker) e li porta al Liberty Village. Marshall segue il loro viaggio e scopre che si trovano nel Settore di Allenamento 56B, un'ex-base militare russa che adesso somiglia ad un quartiere suburbano americano. Sydney e Vaughn arrivano e vengono portati alla loro nuova casa, dove incontrano i loro nuovi vicini.
Jack incontra Alexi Vasilevich e gli chiede se i russi si occupano ancora di quella base. Jack si accorda con Jack, aspettandosi qualcosa in cambio per il recupero di Sydney.
Vaughn perde la pistola, che per fortuna viene recuperata da Sydney, che uccide Linda.
Nel frattempo Jack apre un libro della collezione di prime edizioni di Irina. Marshall recupera il messaggio segreto, che è contenuto in un punto d'inchiostro aggiunto successivamente nella dedica da Jack alla moglie Irina.
Tom mostra a Sydney come usare l'EMP, poi riceve una chiamata dalla moglie Diane. Immaginando che la loro copertura è saltata, Sydney stordisce Tom con un vaso ed inizia a lottare con lui, mentre in un'altra stanza Vaughn si batte con un altro uomo. Sydney e Vaughn fuggono all'esterno, dove un elicottero è pronto a colpirli. Sydney allora aziona l'EMP, causando un black-out generale ed il malfunzionamento dell'elicottero che precipita al suolo.
Sydney e Vaughn parlano e si avvicinano mentre sono sull'aereo di ritorno a casa.