J.D. viene a contatto accidentalmente con un ago appena usato per un test dell'epatite B e teme di aver contratto il virus. Nella lunga attesa del risultato del test a cui si sottopone, J.D. incontra quattro diversi medici che lo avvertono sul peggio che gli può accadere nel caso risultasse positivo. Il test alla fine risulta essere negativo, ma il timore di contrarre qualsiasi tipo di malattia, tiene J.D. lontano da tutti i pazienti infetti. La relazione tra Elliot e Sean prosegue bene, fino a quando la dottoressa si rende conto che, per amore della professione, deve sacrificare la vita personale e rompe con il giovane. Nel frattempo Turk cede alle continue provocazioni di Carla circa il suo peso e chiede aiuto al Dr. Cox per tornare in forma.