Dopo la rottura della loro brevissima love-story, J.D. ed Elliot non si parlano neanche, e tutto sembra definitivamente compromesso. Nel frattempo Carla è alle prese con un paziente in coma e lotta con il Dr. Kelso affinchè le sue ultime volontà siano rispettate. Il Dr. Cox, in preda ad una classica crisi di nervosismo, sfascia uno dei laboratori dell'ospedale e trova J.D. disposto a fare due chiacchiere con lui (a proposito... bellissima la scena con J.D. in pigiama, con lo spazzolino da denti in mano, seduto con Cox in un bar alle 2 del mattino). Infine J.D. (dopo essersi disilluso dalla possibilità di coltivare un amicizia col Dr. Cox) viene a sapere che un suo ex insegnante, a cui era particolarmente legato (era stato lui a spingerlo a fare il medico), è morto... a confortarlo sarà Elliot (spronata da Turk a salvare l'amicizia con J.D.) che gli offrirà volentieri una spalla amica.