J.D. inizia una romantica relazione con Alex, ma Elliot non sembra prenderla molto bene e finisce con litigare con J.D. che le dirà delle cose che le faranno male. Nel frattempo Turk capisce che anche il dr. Cox (i due sono diventati assidui frequentatori dello stesso bagno!) ha delle mire su Carla, mentre quest'ultima sta avendo seri problemi con le colleghe a causa della sua neo nata amicizia con il dr. Kelso (amicizia che finirà il prima possibile). J.D. scopre che Alex fa uso di narcotici e la loro relazione finisce all'istante. J.D. si scusa con Elliot e i due faranno finalmente pace, anzi molto, ma molto di più!