Jarod veste gli abiti di un agente del Servizio Segreto per indagare sulla morte di un suo amico ,anche lui un agente segreto, che anni prima lo aveva aiutato a scappare dall'edificio del Centro. Causa apparente della sua morte e' suicidio ma Jarod sospetta che si sia trattato di un assassinio. La teoria di Jarod e' condivisa anche da un'affascinante agente dell'FBI Rachel Burke che indaga sulle possibilità di omicidio. Ben presto Jarod scopre l'esistenza di un complotto dietro la morte del suo amico e porta alla luce l'esistenza di "mele marcie" all'interno del Servizio Segreto. Nel frattempo Sydney deve affrontare i vecchi fantasmi del suo passato. Si scopre che Sydney aveva avuto nel 1966 un incidente d'auto nel quale era stata coinvolta anche una giovane studentessa francese di nome Claudia Hope. Il Centro aveva fatto credere a Sydney che lei fosse morta nell'incidente e sotto la minaccia di denuncia per omicidio lo aveva costretto a dedicarsi esclusivamente al Progetto Simulatore.