E' il giorno del Ringraziamento e J.D. e Turk si stanno rilassando al bar vicino all'ospedale, il The Free Clinic. All'improvviso J.D. accusa un forte dolore al fianco ed è costretto a tornare alla clinica. E' Elliot a visitare l'amico, diagnosticandogli l'appendicite. I modi piuttosto freddi e rozzi della dottoressa lasciano J.D. perplesso, ma la vera preoccupazione arriva quando scopre che sarà proprio l'amico Turk ad operarlo. Nel frattempo, un altro paziente viene ricoverato, il Dr. Benson, ex primario di medicina e mentore del Dr. Cox.