Sydney Bristow, una brillante studentessa universitaria di 26 anni, lavora segretamente per una divisione della CIA chiamata SD-6 con la copertura di un lavoro in banca.
Col tempo Sydney ha iniziato ad amare il suo lavoro, capendo di essere molto portata per farlo. Adesso Sydney non è più sola, il fidanzato Danny le ha chiesto di sposarlo, e la sua migliore amica Francie non potrebbe essere più felice. Il suo amico giornalista Will, tuttavia, deve trattenere per sè il suo amore non ricambiato per SydneyIl suo partner alla SD-6, Dixon, un uomo devoto alla famiglia, le consiglia di non rivelare il suo segreto, e Sydney sa che il capo dell'SD-6, Sloane, non gradirebbe affatto una falla nella sicurezza dell'SD-6. Anche Marshall, il creativo dell'SD-6 ed inventore di armi ed altri oggetti utili durante le missioni, uomo intelligente ma con scarsità di contatti sociali, sa che è severamente vietato divulgare agli altri le loro identità: questa è l'unica regola che non va assolutamente infranta.
Purtroppo Sydney infrange la regola, e ad un tratto il suo mondo prende una piega inaspettata: Danny viene ucciso nella sua vasca da bagno, e la vita di Sydney stessa è in serio pericolo. Sydney scopre che il padre che non le è mai stato vicino, Jack, è anche parte dell'SD-6, e che l'organizzazione stessa ha un risvolto malvagio: l'SD-6 non è una divisione della CIA, ma lavora contro la CIA ed attenta alla sicurezza degli Stati Uniti.
Non sapendo a chi altri rivolgersi, Sydney chiede aiuto alla vera CIA allo scopo di eliminare definitivamente l'SD-6. Sydney è posto sotto il comando dell'agente Vaughn, che istruisce Sydney ad essere una doppiogiochista. La sua missione è completare i suoi casi all'SD-6 e comunicare quanto ha scoperto alla CIA. Quando però Sydney viene a sapere da suo padre Jack che anche lui è affiliato alla CIA e doppiogiochista come lei, Sydney inizia a chiedersi quali siano i veri alleati del padre.