Le trame degli episodi ruotano attorno a un imminente attacco che gli extraterrestri dovrebbero sferrare contro la Terra e che preannunciano con varie incursioni. A scopo difensivo è stata creata una forza multinazionale, la S.H.A.D.O. capitanata dal comandante Straker (Ed Bishop), che con l'ausilio delle più moderne tecnologie, cerca di ostacolare i progetti degli alieni.