Il Generale Beers vuole usare Allie come esca per attirare gli alieni in una trappola.Presente - Dopo che Ray si arreso, Allie per salvare i suoi genitori e tutti gli ostaggi dal piano di Mary Crawford, li fa 'scomparire', dopodichè va con Mary ed il dottor Wakeman, ora Allie è parte di un operazione militare.
Lisa sente la paura della figlia. Mentre lei e Charlie si trovano nel suo appartamento, discutono di quello che Allie a fatto per Charlie, guarendolo dalla ferita di proiettile.
Allie si trova nella base militare in Nord Dakota dove è sottoposta ad alcuni test. Il Generale Beers vuole usare la bambina per attirare gli alieni in una trappola. Lisa sembra vedere attraverso gli occhi della figlia.
Intanto Charlie e Lisa cercano il modo per trovare Allie e portarla in salvo.
Mary vuole a tutti i costi che Allie legga le scritte su di un manufatto, quando Allie lo fa l'oggetto inizia ad emanare una strana luce e poco dopo il cielo si riempie di luci.
Nella confusione creata dall'astronave, Allie riesce a scappare, Charlie e Liza cercano di raggiungerla, l'astronave atterra e Mary non resiste al desiderio di guardare all'interno e riesce ad entrare, le porte dell'astronave si chiudono.