Entra in gioco la successiva generazione, quando i figli di Jacob Clarke (Chad Donella) e Jesse Keys (Desmond Harrignton) divengono il nuovo interesse sia dell'investigazione governativa che degli alieni.1981 - Jacob da a sua figlia Lisa la 'Stella Solitaria'. Charlie si trova in macchina da solo mentre la madre sta andando a prendere una pizza, quando la madre torna Charlie è scomparso. Quando ritorna ha un'innesto dietro l'orecchio, è il primo di molti rapimenti. Anche Lisa viene rapita diverse volte.
Dopo la morte di Jesse e Jacob, gli alieni iniziano a focalizzarsi sui loro figli, Charlie (Adam Kaufman) e Lisa (Emily Bergl). Lisa è protetta dagli alieni, mentre Charlie mimane il soggetto dello studio alieno.
Durante uno dei rapimenti da parte degli alieni, Charlie e Lisa vengono portati sull'astronave e messi insieme in una stanza senza gravità e senza vestiti indosso. Quando Lisa scopre di essere incinta, non sa chi è il padre ma durante un flashback vede Charlie.
1993 - Lisa sta per partorire, ma ci sono delle complicazini, nello stesso momento un'astronave si avvicina alla terra. Quando le cose sembrano perdute, una luce illumina la sala parto e Lisa si riprende e la bambina è stabilizzata.... l'astronave scompare. Nello stesso istante, Charlie perde l'innesto dopo un'emmoraggia dal naso.