Le ricerche del Colonnello Owen Crawford (Joel Gretsch) su Jacob Clarke (Anon Yelchin) - l'ibrido alieno figlio di Sally e John - non lo portano a nulla, ma il suo progetto governativo segreto trova nuova vita dopo che Jesse Keys (James Kirk), frequentemente rapito dagli alieni, gli fa visita.1962 - Il Colonnello Crawford cerca disperatamente di salvare il suo progetto top-secret sugli UFO dalla cancellazione voluta dal presidente. Per questo va a caccia di Jacob Clarke.
Durante una partita di basball, Jacob è alla battuta e dopo due strike fa un fuoricampo (sfrtuttando i suoi poteri), ma invece di correre alle basi, cade a terra svenuto. Quando si sveglia un medico lo sta visitando, ma all'improvviso i suoi occhi diventano completamente neri e Jacob sa chi è. Il 'dottore' lo avverte che se abusa dei suoi poteri li perderà insieme alla ragione.
Nel frattempo il Colonnello Crawford, durante il suo viaggio incontra Russell (Steve Burton) e Jesse Keys, che si offrono volontari per essere sottoposti a test ed esami di laboratorio nell'ultimo tentativo di fermare i rapimenti.