Due ragazzi fuori dal comune scoprono il loro destino e iniziano a rendersi conto del loro ruolo nel grande piano alieno.1958 - Russell Keys (Steve Burton) è frequentemente vittima di rapimenti alieni, durante uno di questi episodi, vede su un lettino accanto al suo il figlio tredicenne Jesse (James Kirk). Inizia così la sua lotta per impedire che Jessi sia vittima del suo stesso destino. Russell cerca invano di convincere Kate (che ora è sposata col suo migliore amico Bill), dell'esistenza degli alieni e dei rapimenti, ma la madre di Jesse lo crede pazzo.
Intanto a Roswell, il Colonnello Owen Crawford (Joel Gretsch) fallisce nella sua missione di scoprire il segreto che si cela dietro l'astronave aliena che ha trovato 10 anni prima. Il Colonnello crede che la risposta possa trovarsi in Jacob Clarke (Anton Yelchin), il giovane figlio di Sally (Chatherine Dent) frutto della relazione con l'alieno John. Il ragazzo sembra possedere poteri che non appartengono a questo mondo.
Nel frattempo l'esercito sta svolgendo degli esperimenti su una coppia di giovani gemelle che sembrano essere telepatiche. Crawford ordina che le due giovani vengono portate sull'astronave aliena per vedere cosa succede e senza nessuno scrupolo le lascia nell'astonave per venti minuti pur sapendo quali saranno le conseguenze.