Mohinder torna a casa e trova Sylar che lo aspetta, Molly addormentata, e Maya intenta a cucinare. Maya chiede aiuto per la sua malattia, mentre Sylar chiede se il virus Shanti annulla i poteri. Sylar punta una pistola contro Mohinder ed esige l’antidoto costituito dal suo sangue e da quello di Claire. Maya finalmente apre gli occhi sulla sua vera natura, ma deve controllare il suo potere per non fare del male a Molly.

A New York Angela spiega a Matt e Nathan che trent’anni prima, Adam era passato dal sogno di guarire il mondo alla decisione di decimarne la popolazione e così lei e gli altri fondatori lo avevano rinchiuso. La donna li avverte che dovranno sparargli alla testa per ucciderlo; telepaticamente, Angela fa sapere a Matt che, se necessario, dovranno uccidere anche Peter.

Peter e Hiro sono uno di fronte all'altro alla Primatech. Peter spiega che lui e Adam stanno cercando di distruggere il virus. Sordo agli avvertimenti di Hiro, lo stordisce con una scarica elettrica. Adam si china su Hiro e recupera la sua vecchia spada.

Sandra supplica Claire di non rendere pubblica la sua abilità e denunciare la Compagnia. Nel frattempo, Bob dà una lavata di capo ad Elle per aver provocato Claire e le ordina di stare lontana dalle missioni operative. Elle fa visita a Noah e gli chiede di descriverle gli esperimenti condotti su di lei quando era bambina. Bob interrompe la loro conversazione e minaccia di fare del male a Claire se la ragazza non manterrà il silenzio.

Micah cerca di convincere Niki a salvare Monica, ma Niki gli rivela che è senza poteri da quando ha contratto il virus. Micah può comunque localizzare Monica e i due si mettono sulle tracce dei rapitori. Alla Primatech, Peter e Adam fanno piazza pulita delle guardie nei corridoi. Raggiunta una camera blindata, Peter esprime i suoi dubbi sull'affidabilità di Adam, ma il pensiero di Caitlin intrappolata nel futuro lo spinge ad aprire la porta comunque.

Mohinder conduce Sylar, Molly, e Maya al suo laboratorio nel loft di Isaac. Nell'ufficio di Bob, Elle assiste a tutta la scena grazie alle telecamere di sorveglianza piazzate nel laboratorio di Mohinder. A New Orleans uno dei rapitori si prepara a bruciare un edificio abbandonato con Monica intrappolata dentro. Micah usa il suo potere per ordinare al navigatore satellitare di trovare sua cugina.

Nathan e Matt arrivano alla Primatech dopo un volo alquanto scomodo per entrambi. Hiro li accoglie con entusiasmo, mentre Claire, in California, continua a fare i bagagli. West cerca di convincerla a non rivelare il loro segreto. Arrabbiata, Claire gli consegna tutti i file che la Compagnia ha raccolto su di lui e West se ne va con riluttanza. Quando Claire si volta, vede suo padre sulla soglia di casa.

Nel loft di Isaac, su richiesta di Maya, Molly guarda una foto di Alejandro e cerca di localizzarlo, ma Alejandro non è "in nessun posto". Nel momento in cui Sylar apprende da Suresh che è stata la Compagnia a iniettargli il virus, Maya accusa Sylar di avere ucciso suo fratello. Sylar risponde sparando a Maya, che si accascia morta. Sylar ordina a Suresh di testare l'antidoto su di lei.

Noah spiega il suo scioccante ritorno in vita grazie al sangue di Claire. Poi dice a Claire di fermare tutti i suoi piani per bloccare la Compagnia. Bennet ha stretto infatti un patto col diavolo per salvare la sua famiglia: tornerà a lavorare per loro. Noah poi esce dalla porta, dove Bob lo attende.

Peter apre la camera blindata, ma Hiro compare proprio mentre Adam sta per entrarvi. Peter mette Hiro fuori combattimento mentre Adam recupera la fiala col virus. I due devono fare i conti con Matt: il poliziotto usa la persuasione per mettere Peter contro Adam; ma Peter si rivela abbastanza forte da resistere. Quando anche Matt è fuori combattimento, arriva Nathan. Ascoltandolo, Peter si convince finalmente di essere stato usato. Adam nel frattempo ha preso la fiala e tiene la sua spada alla gola di Hiro.

Hiro si teleporta via con Adam, ma un attimo prima questi lascia cadere la fiala: Peter entra giusto in tempo nella camera vuota per impedire che si infranga sul pavimento. Incoraggiato da Nathan, Peter usa il suo potere nucleare per distruggere definitivamente il virus.

Suresh inietta a Maya il sangue di Claire e la ragazza si riprende. Proprio mentre Sylar si impadronisce dell'antidoto, Elle fa irruzione. Riesce a colpire Sylar con una scarica, ma quest'ultimo fugge.
A New Orleans, il malvivente dà fuoco all’edificio, abbandonando Monica a morire all'interno. Niki lo ferma prima che fugga e si lancia nel palazzo al salvataggio. Aiuta Monica ad uscire ma rimane intrappolata lei stessa. Pochi attimi dopo, l'edificio esplode.


Alla Yamagato, Hiro ricompare improvvisamente sotto gli occhi di Ando e annuncia che Adam non farà più del male a nessuno. Infatti, lo ha seppellito vivo nel cimitero dove giace Kaito Nakamura. A Odessa, Nathan vuol mettere fine alle persecuzioni della Compagnia e si prepara a rendere pubblica la sua abilità durante una conferenza stampa: ma prima che possa terminare il suo discorso, un misterioso assassino gli spara al petto. Mentre assiste al notiziario, Angela Petrelli parla al telefono, dicendo che era "inevitabile" e che il "vaso di Pandora" è stato scoperchiato.

Comincia il Volume III, "Villains": in un vicolo, un malridotto Sylar si inietta il sangue di Claire: nel giro di pochi secondi i suoi poteri tornano come prima.