Il capo ha assunto un modello computerizzato per distribuire gli interventi. Derek ovviamente, a causa delle ultime varie incomprensioni con il capo, non è d'accordo sull'utilizzo della macchina. Intanto, Isaac, un dipendente dell'ospedale, si presenta da Derek chiedendogli di operargli un tumore inoperabile. Lui inizialmente tentenna ma poi, confortato da Meredith, ancora a letto dopo l'intervento al fegato, decide di operare all'insaputa del capo che, quando verrà a sapere dell'accaduto, lo licenzierà. Cristina, non avendo più un mentore di cardiochirurgia e non partecipando ad un intervento al cuore ormai da molto tempo, comincerà sempre di più a perdere fiducia in se stessa. Nel frattempo, Alex, affranto dalla partenza di Izzie, si conforta con Reed, la nuova specializzanda del Mercy West, che sembra provare molta attrazione per Alex.