Nel mare del Giappone, Sydney e Vaughn si immergono ed arrivano ad una caverna sotterranea dove trovano e recuperano le quattro chiavi. Bomani arriva ed afferma che il Passeggero è l'eredità di Irina. Sydney lotta con Bomani mentre Vaughn combatte con gli uomini di Bomani. Sydney batte Bomani, ma l'uomo distrugge il loro equipaggiamento subacqueo e scappa con le chiavi della Scatola di Rambaldi. Sydney e Vaughn riescono comunque a tornare in superficie usando una bombola con una valvola rotta che agisce da dispositivo di propulsione.
Sull'aereo per tornare a casa, Sydney dice che i problemi di Vaughn sono sfortunati, ma lei ha buone speranze. Vaughn chiede a Sydney di andare a prendere un caffé insieme una volta tornati a Los Angeles.