Nonostante la Convenzione volesse che Julia/Sydney uccidesse Lazarey dopo aver ritrovato il Cubo, Kendall le ha ordinato di accordarsi con lui e lavorare insieme, così Sydney e Lazarey hanno inscenato la morte dell'uomo per mano di lei.
Nel jet, Kendall dice di credere che Sydney è la prescelta di Rambaldi e che la Convenzione aveva bisogno sia di lei che del Cubo per compiere la Profezia. Dopo nove mesi di ricerche, Julia/Sydney e Lazarey hanno trovato e recuperato il Cubo in una caverna vicino al fiume Gorge in Namibia. Nell'occasione Sydney ha dovuto amputare la mano di Lazarey dato che l'uomo, per permettere di aprire il nascondiglio del Cubo, ha dovuto tenere con la mano una delle dodici chiavi necessarie per l'apertura, mano che è rimasta bloccata mentre la caverna stava crollando. Sydney però non ha mai consegnato il Cubo a Kendall: l'uomo ha ricevuto un video in cui Sydney gli rivelava di aver nascosto bene il Cubo e di essere in procinto di farsi cancellare da uno specialista la memoria degli ultimi due anni in modo che il Cubo non venisse mai ritrovato. Nel video Sydney dice a Kendall, in caso di riuscita positiva dell'intervento di cancellazione della memoria, di non rivelarle mai quanto le è successo negli ultimi due anni.
Sydney è sconvolta apprendendo che è stata lei stessa a farsi cancellare i ricordi degli ultimi due anni. Kendall le dice che secondo la Profezia la seconda venuta di Rambaldi avverrà tramite un bambino. La Convenzione userà il DNA contenuto nel Cubo per fertilizzare gli ovuli della Prescelta. Sydney guarda la cicatrice che ha nello stomaco, e capisce che la Convenzione ha estratto i suoi ovuli!